A ministra do Meio Ambiente, Marina Silva, ocupa o cargo de conselheira honorária do Instituto de Pesquisa Ambiental da Amazônia (Ipam), que já recebeu recursos do Fundo Amazônia. A ligação de Marina Silva com a ONG que recebeu recursos públicos foi questionada por senadores da Comissão Parlamentar de Inquérito (CPI) das Organizações Não-Governamentais (ONGs). 

Além da ministra Marina, a secretária nacional de Clima, Ana Toni, também ocupa cargo na ONG. De acordo com o site do Ipam, Ana Toni faz parte do Conselho Deliberativo da organização. O Ipam é uma ONG criada em 1995 com foco em ações na Amazônia e no Cerrado brasileiro.

Para os senadores, pode haver conflito de interesses entre o cargo na organização e o cargo de ministra e da secretária. Os senadores também questionaram a legalidade da atuação da ministra levando em conta a dedicação exclusiva prevista em lei para os ocupantes de cargos públicos. Tanto o conflito de interesses e a dedicação exclusiva estão previstos em leis.

O senador Márcio Bittar, relator da CPI das ONGs, apontou que o Ipam recebeu pelo menos R$ 23 milhões para o Projeto Assentamentos Sustentáveis por meio do Fundo Amazônia. Como ministra, Marina Silva também compõe o Comitê Orientador do Fundo Amazônia (COFA), que tem a atribuição de estabelecer as diretrizes e critérios para aplicação dos recursos do Fundo, o que poderia ajudar a direcionar os recursos para a ONG. O presidente da CPI das ONGs, senador Plínio Valério, chamou a relação de "promíscua".